植物代谢组学是研究生物体内细胞中发生的新陈代谢以及活动过程，分析内外部不同因素对代谢的影响。研究的对象是细胞代谢产物，比如植物激素、抗生素、脂肪酸、糖类、蛋白质和碳水化合物等。通过系统性的研究，来发现植物的代谢途径和变化，能够分析环境因素对代谢的调控机制。

检测流程：样品处理-质谱定性分析-数据分析-代谢通路分析。

检测方法：液相色谱-质谱联用（LC-MS）、气相色谱-质谱联用（GC-MS）、毛细管电泳-质谱联用（CE-MS）等。

1.LC-MS

LC-MS利用了液相色谱对样品进行分离，在质谱检测器上，通过质荷比对指定化合物进行定性分析，确定分子量和化学式。LC-MS比较适合分析极性大的、高分子量的化合物。在分析植物多种类型代谢产物的时候，具有检测范围广、灵敏度高、分辨率高等特点。

LC-MS/MS的非靶代谢组学技术，可以尽可能的检测出植物样本中的小分子代谢产物。包括初级代谢产物糖类、氨基酸、核苷酸等，次级代谢产物如生物碱、黄酮类、酚类、植物色素、有机酸等。

2.GC-MS

GC-MS结合了气相色谱的高分离能力，以及质谱检测器的鉴定功能。样品在气相色谱中经过分离，化合物分子进入质谱仪，根据质荷比进行分析。根据质谱信息，可以确定代谢产物的化学式，实现定性分析。适合于分析复杂样品中低含量的小分子代谢产物，灵敏度高，检测效率高。

GC-MS可以测定植物的多种代谢产物，包括氨基酸、糖类、有机酸等。

3.CE-MS

CE-MS结合了毛细管电泳的高分离效率和质谱的高灵敏度。样品在毛细管中通过电场驱动进行分离，然后进入质谱仪进行质量分析。适合分析离子型化合物和生物大分子，分离效率高，分析速度快。

CE-MS技术具有高灵敏度、高分析效率、低样品损耗等优点。CE-MS技术在代谢组学中的应用非常广泛，可以覆盖到糖酵解途径、磷酸戊糖途径、三羧酸循环、鸟氨酸循环、氨基酸代谢途径、嘌呤代谢及其嘧啶代谢。